Założenie Zabłocia miało miejsce podczas drugiej lokalizacji miasta Żywca na przełomie XIV i XV wieku (nazwa Zabłocie występuje po raz pierwszy w 1477 r.). Z pierwszej siedziby w Starym Żywcu przeniósł się Żywiec na nowe miejsce, na którym znajduje się obecnie.

Wieś Zabłocie usadowiła się wówczas przy szlaku wiodącym na południe, na lewym brzegu Soły. Położenie to dało Zabłociu (Zapłociu) dobrą podstawę do rozwoju.
Od początku Zabłocie należało do parafii Narodzenia Najświętszej Maryi Panny w Żywcu. W 1868 r. mieszkańcy Zabłocia wystosowali prośbę do magistratu żywieckiego o wydzielenie dla nich osobnego ołtarza (św. Agnieszki) w kościele Św. Krzyża. W 1895 r. powstało Stowarzyszenie Św. Floriana, które odnowiło stojącą nieopodal dworca kolejowego kapliczkę p.w. św. Floriana (z początku XIX w.) i zakupiło parcelę pod budowę kościoła. Starania Towarzystwa Budowy Kościoła w Zabłociu przerwał wybuch I wojny światowej.

Prace budowlane rozpoczęły się 27 maja 1935 r., a 8 grudnia następnego roku dokonano poświęcenia prezbiterium przyszłej świątyni. 3 września 1937 r. rektorem budującego się kościoła w Zabłociu mianowany został ks. Stanisław Słonka. Dzięki niemu i wielkiemu zaangażowaniu mieszkańców w 1938 r. na Boże Narodzenie została wybudowana główna nawa kościoła połączona z prezbiterium oraz podstawą wieży.

W okresie okupacji na terenie tutejszej parafii działały konspiracyjne grupy patriotów polskich, które już w grudniu 1939 r. zawiązały zalążek przyszłej Armii Krajowej powiatu żywieckiego. W kościele przechowywano broń i prasę podziemną, a ks. Słonka pełnił funkcję kapelana AK, w związku z czym musiał przez jakiś czas ukrywać się przed poszukującymi go funkcjonariuszami Gestapo.

Po zakończeniu wojny tutejszą wspólnotę parafialną odwiedził ks. kardynał Adam Stefan Sapieha, który dwa lata później, dekretem z 29 czerwca 1948 r., erygował w Zabłociu samodzielną parafię. Pierwszym proboszczem mianowany został ks. Stanisław Słonka. Budowę świątyni w jej obecnym kształcie zakończono wzniesieniem w 1953 r. wysokiej wieży. Dwa lata później, w dniu 7 sierpnia 1955 r. ks. biskup Franciszek Jop dokonał uroczystej konsekracji kościoła p.w. św. Floriana.

28 IX 1958 sakrę biskupią w Krakowie otrzymał ks. biskup Karol Wojtyła. Przyszły papież Jan Paweł II gościł w zabłockiej parafii wielokrotnie: 21 XI 1958 r. – kongregacja dekanalna, 4 II 1963 – prywatne odwiedziny (było ich więcej), 17 III 1963 – udział w Gorzkich Żalach, 31 V – 2 VI 1964 – wizytacja kanoniczna parafii, 1 V 1965 – konsekracja dzwonów, 22 V 1966 – poświęcenie sztandaru milenijnego, 27 VIII 1967 – jubileusz 30-lecia duszpasterstwa, 31 V – 1 VI 1968 – uroczystość Nawiedzenia, 5 IX 1972 – jubileusz 50-lecia kapłaństwa księdza proboszcza, 11 VI 1974 – spotkanie kapłanów rocznika 1964, 8 VII 1975 – pogrzeb ks. prałata Stanisława Słonki. Nad trumną gorliwego duszpasterza ówczesny metropolita krakowski powiedział m.in.: „Był to człowiek wielkiego serca. Wiele miłował! Wszystko, co dobre, co szlachetne w jego sercu znajdowało miejsce. Jego miłość Ojczyzny, która ukształtowała się w najmłodszych latach życia, w latach niewoli, która przeszła przez próg odzyskania niepodległości i okupacji, jego miłość Ojczyzny dyktowała w nim także miłość Kościoła. Kościół był Ojczyzną jego duszy, w której ziemska Ojczyzna miała swój szczególny wymiar”.

Drugim proboszczem po ks. prałacie Stanisławie Słonce był ks. prałat Eugeniusz Góra. Odegrał on ważną rolę duszpasterską w pogłębianiu życia religijnego parafii. Za jego kadencji (1975 – 1984) została położona w nawie kościoła marmurowa posadzka.

Trzecim proboszczem był ks. prałat Józef Jania. Za jego kadencji (1984 – 1994) przeprowadzono gruntowną renowację kościoła: dobudowano zakrystię, podniesiono prezbiterium i wyłożono je marmurem kararyjskim, wyposażono świątynię w nowe ołtarze.

Czwartym, obecnym proboszczem (od 1994) jest ks. prałat Stanisław Kozieł. Kontynuowane są prace poprzedników. Z okazji jubileuszu 50-lecia parafii został postawiony przed kościołem pomnik św. Floriana. W latach 2005-2006 dach kościoła został pokryty blachą miedzianą, a wnętrze kościoła na nowo pomalowane.